Opini umum internalisasi nilai-nilai  untuk membangun moral, karakter, dan akhlaq hanya bisa ditempuh melalui pendidikan agama sehingga pendidikan agama dianggap penting dan harus diajarkan.  Anggapan itu  tidak salah sebab agama selalu mengajarkan tentang bagaimana agar para peserta didik memiliki moral, karakter, dan akhlaq yang luhur. Sebenarnya pendidikan sains pun dapat dijadikan sebagai pendekatan untuk membangun moral, karakter dan akhlaq mulia. Melalui pendidikan sains anak didik akan mengenal dirinya sendiri dan Tuhannya. Seperti dicontohkan dari perspektif Islam, sekalipun misi utama Islam  adalah membangun akhlaq namun ternyata yang diperintahkan oleh al-Qur’an melalui  ayat yang pertama kali diturunkan adalah perintah membaca. Demikian dikatakan Prof. Dr. Kamsul Abraha, Ph.D dari jurusan Fisika Fakultas MIPA UGM Yogyakarta  dalam Seminar Nasional Penelitian, Pendidikan dan Penerapan MIPA di Ruang Seminar FMIPA Universitas Negeri Yogyakarta pada Sabtu 14 Mei 2011. Lebih lanjut Kamsul Abraha menjelaskan bahwa terdapat tiga isu sentral yaitu moral, karakter dan akhlaq sementara bangsa Indonesia sendiri mempunyai nilai luhur berupa kearifan lokal, nilai ke indonesiaan dan nilai keagamaan. Akar permasalahannya adalah dikotomi antara antara agama, saintek dan sistem budaya-pendidikan saintek.
Seminar dibuka oleh Dekan FMIPA Universitas Negeri Yogyakarta Dr. Ariswan yang dalam sambutannya mengatakan bahwa seminar ini akan bermanfaat bagi pengembangan ilmu matematika dan IPA pada masa yang akan datang baik ditinjau dari segi materi, penelitian maupun teknologi pembelajarannya dan pembentukan karakter yang mencerminkan sifat-sifat pada ilmu kemipaan itu sendiri. Oleh karena itu penelitian bidang MIPA dan teknik pembelajarannya perlu dilakukan terus menerus agar aplikasi pada bidang tersebut dapat dipahami pembelajarnya. Seminar bertema ”Pemantapan Keprofesionalan Peneliti, Pendidik dan Praktisi MIPA untuk Mendukung Pembangunan Karakter Bangsa” ini diselenggarakan dalam rangka mengembangkan ilmu matematika dan IPA dari sisi materi penelitian, teknologi pembelajaran, dan pembentukan karakter yang mencerminkan sifat ilmu ke-MIPA-an itu sendiri pada masa yang akan datang sekaligus bertepatan dengan agenda Dies Natalis ke-47 Universitas Negeri Yogyakarta dan diikuti oleh lebih dari 400 guru, dosen, peneliti serta mahasiswa dari berbagai institusi dan universitas di Indonesia.
Pembicara lain pada seminar nasional ini adalah Drs. M. Amin Genda Paddusa dari jurusan pendidikan fisika FMIPA UNY yang mengemukakan tentang pendidikan karakter bangsa. Dikatakan Amin bahwa pendidikan karakter sebaiknya dimulai sejak dini dari tingkat PAUD, sedangkan karakter yang perlu dikembangkan untuk merintis hidup bahagia dimulai dari pemikiran positif, bebaskan pikiran dari rasa ketakutan, hidup sederhana dan serta bekerja dan bersedekah dengan ikhlas. ”Untuk mendapatkan produk dan sasaran sains berupa konsep, prinsip, teori dan lainnya dilakukan suatu penelitian dengan metode ilmiah” kata Amin, ”Pada saat kita menggunakan metode ilmiah, kita harus bersikap ilmiah seperti rendah hati, jujur, obyektif, menghargai waktu dan sebagainya. Ternyata contoh sikap ilmiah tersebut merupakan suatu karakter jika sudah menjadi kebiasaan seseorang.” tutupnya.